新三板股票不在传统的上海或深圳证券交易所交易，而是在全国中小企业股份转让系统（简称股转系统）这一独立交易场所进行，这为众多中小企业提供了一个专门的融资和股份流通平台，对我国多层次资本市场体系具有重要补充作用。
新三板全称为全国中小企业股份转让系统，是经国务院批准、由中国证监会监管的全国性证券交易场所，为创新型、创业型及成长型中小微企业提供服务，帮助它们解决融资难题并推动规范化发展，其历史可追溯至2006年成立的代办股份转让系统，后在2012年正式升级为全国性平台，填补了沪深交易所之外的市场空白。
该系统的交易场所由全国中小企业股份转让系统有限责任公司运营管理，交易时间与沪深交易所一致，为周一至周五的上午9:30至11:30和下午1:00至3:00，交易规则采用T+1制度，即当日买入股票需次日才能卖出，同时根据不同层级设定涨跌幅限制，例如基础层和创新层股票波动范围较大，这确保了市场活跃性与风险控制的平衡。
新三板的交易方式主要包括协议转让、做市转让和竞价转让三种模式，协议转让由买卖双方私下协商后通过系统完成交易，做市转让则由专业做市商提供双向报价以促成流动性，竞价转让则遵循价格优先和时间优先原则进行集中撮合，这些机制设计适应中小企业的特点，提升交易效率和市场透明度，避免出现流动性不足的问题。
投资者参与新三板交易需满足较高门槛，个人投资者必须具有两年以上股票交易经验，风险承受能力达到C4级以上，且日均资产要求因层级而异：基础层需200万元、创新层需100万元，机构投资者则需符合注册资本和净资产标准，这确保了市场以专业投资者为主，降低了散户风险，同时交易最小单位设定为1000股，强化了操作规范。
